Hovedkomponenterne i et scanningselektronmikroskop omfatter:
Elektronkilde – Det er her, elektroner genereres termisk ved en spænding på 1-40kV. Elektronerne kondenserer til bundter, der bruges til at skabe simulerede billeder og analyser. Tre typer elektronkilder kan bruges. e wolframtråd, lanthanhexaborid og feltemissionspistol (FEG)
Linser - Den har flere kondensatorlinser, der fokuserer elektronstrålen fra kilden gennem søjlen til en smal stråle, der danner en plet kaldet spotstørrelse.
Scanningsspole – bruges til at afbøje strålen på prøveoverfladen.
Detektor – består af flere detektorer, der er i stand til at skelne mellem sekundære elektroner, tilbagespredte elektroner og diffrakterede tilbagespredte elektroner. Detektorfunktionalitet afhænger i høj grad af spændingshastighed, prøvedensitet.
Displayenhed (dataoutputenhed)
Strømforsyning
Vakuum system
Ligesom et transmissionselektronmikroskop bør et scanningselektronmikroskop være fri for vibrationer og eventuelle elektromagnetiske elementer.
