Alt biomedicinsk affald, der skal autoklaveres, skal først anbringes i en godkendt og mærket autoklavepose. Skarpe genstande som nåle og skalpeller skal placeres i en godkendt, mærket beholder med kanter til skarpe genstande, før de steriliseres. Læg ikke skarpe pipetter eller knust glas i posen. Dette affald skal placeres i kasser eller spande og autoklaveres eller steriliseres med et flydende steriliseringsmiddel såsom 10 % natriumhypochlorit. Biomedicinsk affald, der skal steriliseres i en autoklave, skal have en indikator, der beviser, at affaldet er autoklaveret, før det kan bortskaffes. Mange autoklaveposer leveres med en indikator, der viser "AUTOKLAVET", når steriliseringscyklussen er afsluttet. Indikatoren skal sættes på kasser og tønder, før de autoklaveres og lægges i skraldespanden. Potentielt smittefarligt affald skal mærkes "biohazard" og have en biohazard etiket påsat beholderen. Ved sterilisering af ikke-farlige materialer såsom dyreforsøg, dyrkningsmedier og laboratorieudstyr i et sterilt miljø, er umærkede almindelige beholdere tilstrækkelige.
Før start skal ca. 50 ml – 100 ml vand placeres i autoklaveposen for at lette dampdannelsen i posen. Hvis dette vand er naturligt til stede i lasten, er det ikke nødvendigt at tilføje yderligere vand. Autoklaveposer skal pakkes godt ind for at forhindre spild, hvis de opstår. Men hvis tapen pakkes for stramt, kan der opbygges damptryk inde i posen, hvilket får den til at briste. Fordoble ikke dine affaldssække. Autoklaveposer er designet til at være gennemtrængelige for damp, men en dobbeltpose vil forhindre strømningen af damp gennem posen. Overfyld ikke posen eller autoklaven, da dårlig dampstrøm kan forstyrre steriliseringsprocessen. Det er bedst ikke at putte posen direkte i autoklaven. De skal placeres på bakker af rustfrit stål eller polypropylen.
Ved autoklavering af væsker må beholderen ikke fyldes mere end 75 %. Dette vil sikre, at væsken har plads til at udvide sig, når den opvarmes. Fordi brugen af damp tilsteriliserevæsker kan være problematiske, det er bedst at bruge kemiske midler til at sterilisere flydende affald, hvis det er muligt. Hvis forskere vælger at bruge damp til at sterilisere væsker, skal beholderen med væsken kunne modstå autoklaveforhold. Borosilikatglas eller polypropylenbeholdere kan bruges. Sørg for at løsne låget på beholderen for at opbygge tryk under processen. Under autoklavering skal du altid placere løse glasvarer og væskebeholdere i sekundære beholdere. Bær tykke, varmebestandige handsker, sikkerhedsbriller og et gummiforklæde, når du fjerner væske fra autoklaven. For væskebelastninger skal autoklavens udluftningscyklus indstilles meget langsomt. Dette giver væsken tid til at køle ned til under 100 grader, så den ikke koger, når trykket falder. Når kørslen er færdig, skal du langsomt åbne døren og vende tilbage, indtil dampen er renset ud.
